La série a bénéficié d'un travail de restauration : le résultat en est des couleurs et un son d'une qualité inespérée. Toutefois, on ne peut pas vraiment dire que le support DVD apporte quelque chose par rapport aux laserdiscs : on a certes une image restaurée, mais d'un autre côté elle est plus granuleuse ; et il n'y a pas de piste sonore spéciale ni de sous-titres ; enfin, il n'y a pas non plus de vrais suppléments ici.

Galaxy Express 999 est unique en son genre. Bien qu'il y ait un grand voyage à travers la galaxie, on s'éloigne du schéma traditionnel des séries de science-fiction (Albator et ses combats spatiaux, les races extraterrestres...) : les histoires sont variées et on y sent des influences fort diverses, au point que certains l'ont décrite comme un panaché improbable d'une nouvelle à la Ray Bradbury et des meilleurs westerns européens, quoique l'argument de départ s'inspire d'un récit poétique de Kenji Miyazawa (Train de Nuit dans la Voie lactée).
Les épisodes se déroulent selon un schéma plus ou moins semblable : il y a souvent une partie dans le train suivi d'un arrêt sur une planète inconnue pour Tetsuro qui sera l'occasion pour lui de rencontrer des gens, de confronter des expériences, et à chaque fois de retirer de ses observations une leçon nouvelle sur l'humanité. A la manière de "Sliders", il y a un aspect 'découverte d'un monde parallèle' (telle planète est entièrement couverte d'eau, telle autre est peuplée d'hommes-lucioles, les habitants d'une autre ont des sens hyperdéveloppés, ailleurs on organise des guerres juste comme spectacle pour distraire les visiteurs étrangers,...) : naturellement, il ne s'agit pas de faire du tourisme et tout cet exotisme sert de cadre à un récit original et varié dont la fin est souvent tragique. Une aussi longue série n'évite pas les répétitions et on relèvera quelques constantes : les confrontations humains/robots, le personnage solitaire en marge de sa société, les vols du billet de Tetsuro (convoité par à peu près tout le monde, dirait-on), les courses pour ne pas manquer le départ du train,...
Un autre intérêt vient directement des personnages eux-mêmes. Maetel est très mystérieuse : alors qu'on ignore tout de son but, de sa nature, de son statut (pourquoi l'accueille-t-on partout avec tant de déférence et de respect ?), de la personne avec qui elle semble communiquer de temps en temps... elle va se révéler au fil des épisodes être un personnage tout à fait exceptionnel, une sorte d'idéal de beauté, d'intelligence (sans être stéréotypée) et de femme d'action, qui sait se battre.
Quant à Tetsuro, c'est l'orphelin classique des dessins animés japonais.
C'est quelque chose de typique que ces enfants livrés à eux-mêmes. J'ai l'impression que c'est un peu à dessein. Ce qui est amusant, c'est que les orphelines deviennent souvent des filles décidées, conscientes de leur 'mission' de sauvegarde de la paix du monde ou ce genre de choses (Nausicaa, Utena, Asuka,...), tandis que les garçons dont la mère est absente deviennent généralement des indécis, incapables de prendre des décisions (citons les exemples de Tetsuro (Galaxy Express 999), qui hésite entre un corps d'humain et un corps mécanique, Shinji (Evangelion) qui a peur de tout, ou encore Max/Kyosuke (Orange Road/Max et Co) et Ranma, partagés entre deux filles).
C'est encore un personnage récurrent de la japanimation; un orphelin qui agit à l'instinct, souvent de manière irréfléchie, mais c'est aussi encore un enfant qui est plein d'espoir et de rêves, et non une des ces figures froides et solitaires comme Harlock ou Emeraldas, qui sont épris de liberté mais plutôt pessimistes et tristes.
Certains y ont vu une allégorie du passage à l'âge adulte (Maetel en étant une sorte de guide), mais c'est bien davantage : c'est une véritable réflexion sur l'humanité qui nous est offerte !
Matsumoto alterne avec brio les moments d'action intense et ceux de poésie, les scènes de joie et les scènes tragiques... où, finalement, dans la rencontre de l'autre, c'est surtout soi-même que l'on dévoile et qu'on apprend à mieux connaître.
Et ici, la guerre, la politique, la solitude, la faim, la pauvreté, la vieillesse ou la mort ne sont pas tabous : à chaque instant l'influence du contexte japonais des années 1960 se fait sentir (le souvenir de la guerre, le pouvoir confisqué par le PLD (parti unique institué par le Département d'Etat américain), les mouvements contestataires contre la prégnance sociale et familiale, le partage inégal des richesses, les bidonvilles et la lutte permanente pour la faim (d'où l'importance des 'ramen', simple soupe aux nouilles dont se régale pourtant Tetsuro), la dénonciation du racisme et du colonialisme, le succès des westens italiens, les Jeux Olympiques de Tokyo, la conquête spatiale, l'introduction de nouvelles technologies, les gains de productivité et le taylorisme, la modernisation de la société, la déshumanisation des villes, la pollution,...
Matsumoto est un auteur engagé, aux oeuvres susceptibles d'offrir plusieurs niveaux de lecture, au ton souvent adulte, mais dénuées de violence gratuite, de vulgarité et de scènes racoleuses, chose devenue rare aujourd'hui.